Prihlásenie k GRID UNIZA,dostupné moduly, spustenie úlohy, kontrola jednotlivých úlohy a vymazanie úlohy z fronty. 

Prihlásenie

ssh user@login.hpc.uniza.sk

Enviroment moduly

——————————- /etc/modulefiles ——————————- Mathematica/10.4 cuda/9.0 Mathematica/11.1 devtools/2 Mathematica/11.2 espresso/3.2.0(default) Mathematica/11.3 fds/6.1 Mathematica/12.0(default) fds/6.7(default) Python/2.7.8(default) intel/composerxe_2013 Python/3.3.6 intel/composerxe_2013_old adina/dmp matlab/R2015b(default) adina/new(default) matlabtah/R2015b adina/smp matlabtah/R2017a annovar/annovar-current(default) matlabtah/R2017b(default) ansys/2019R1 mpich/3.0.4/14.4 ansys/v145 octave/3.6.4(default) ansys/v150 openmpi/1.10.4-devtools2 ansys/v160 openmpi/1.6.3(default) ansys/v162 openmpi/1.8.3 ansys/v170 openmpi/1.8.4 ansys/v172 openmpi/1.8.4-i ansys/v192(default) openmpi-x86_64 atlas/3.10.2(default) pgi/14.4(default) boost/1.53 pgi/2014 boost/1.54 root/5.34.14(default) boost/1.57(default) simpack/9.8.2 comsol/v50 simpack/9.9.2(default) comsol/v52(default) xrootd/3.2.7(default) cuda/6.5(default) xrootd/3.3.6

$module load openmpi $module purge

Spustenie úlohy

Kompilácia

$module load openmpi $mpicc program.c

Zadanie úlohy do fronty

$ qsub s1.pbs

Skript pre sériovú úlohu

#!/bin/sh # nazov vo fronte #PBS -N UNIZA_JOB # skript ziada #PBS -l nodes=1:ppn=1,pmem=100mb,walltime=00:10:00 # Nazov projektu #PBS -A UNIZA_PROJ # vypoctova fronta – batch #PBS -q serial # po ukonceni error file – „Simple.err“ #PBS -e Simple.err # stdout do suboru – „Simple.result“ #PBS -o Simple.result # zaslanie emailu – b begin, e end, a abort, # neposielat email (n/none). #PBS -m ae # zaslanie emailu na adresu #PBS -M user@uniza.sk # kopirovanie dat na vstupny disk (/localscratch) ##cp my_* $TMPDIR ##cd $TMPDIR /apps/run/program

Skript pre paralelnú úlohu s openmpi

#!/bin/sh # nazov vo fronte #PBS -N UNIZA_JOB_xhpl # skript ziada #PBS -l nodes=4:ppn=12,pmem=2gb,walltime=1:10:00 # Nazov projektu #PBS -A UNIZA_PROJ # vypoctova fronta – batch #PBS -q parallel # po ukonceni error file – „Simple.err“ #PBS -e Simple.err # stdout do suboru – „Simple.result“ #PBS -o Simple.result # zaslanie emailu -b begin, -e end, -a abort # neposielat email (-n/none). #PBS -m ae # zaslanie emailu na adresu #PBS -M user@uniza.sk options=“> OUT“ cd /work/user/hpl application=“/work/user/hpl/xhpl“ . /etc/profile.d/modules.sh module purge module load openmpi/1.6.3 # Príklad využitia premenných (PBS/Torque) np=$PBS_NP ppn=$PBS_NUM_PPN numnodes=$PBS_NUM_NODES CMD=“mpirun $application $options“ ########################################### cd $PBS_O_WORKDIR echo -e „Changed directory to `pwd`.n“ JOBID=`echo $PBS_JOBID | sed -e „s/..*$//“` echo „workdir $PBS_O_WORKDIR , jobid: $PBS_JOBID , „: echo -e „JobID: $JOBIDn======“ echo „Time: `date`“ echo „Running on master node: `hostname`“ echo „Current directory: `pwd`“ if [ -r „$PBS_NODEFILE“ ]; then cat $PBS_NODEFILE | uniq > machfile echo -e „nNodes allocated:n================“ echo `cat machfile` fi echo -e „nnumprocs=$np, numnodes=$numnodes, ppn=$ppn“ echo -e „nExecuting command:n==================n$CMDn“ echo „$CMD“ eval $CMD

Kontrola úloh

$ qstat -a, showq $ showq -b

Vymazanie úlohy z fronty

$ qdel jobid