Genome Trax

Cesta k dátam: /work/Genome_Trax/2016-06-30

1 – Spustenie Annovar

ANNOVAR cesta k programom: /apps/annovar/

ANNOVAR spustite príkazom:

$ module load annovar $ annotate_variation.pl …..

2 – Spustenie Annovar v interaktívnom režime

Spustenie ANNOVAR v interaktívnom režime

Vytvorte si pbs skript (interactive.pbs) pre interaktívnu prácu

#!/bin/sh # nazov vo fronte #PBS -N interactive # skript ziada – 1 vypoctovy nod s 12 jadrami, 7GB RAM na jadro # a 12 hodin maximalny cas vypoctu #PBS -l nodes=1:ppn=12,pmem=7gb,walltime=12:00:00 # Nazov projektu #PBS -A UNIZA_PROJ # vypoctova fronta – batch #PBS -q parallel # po ukonceni error file – „Simple.err“ #PBS -e Simple.err # stdout do suboru – „Simple.result“ #PBS -o Simple.result # zaslanie emailu -b begin, -e end, -a abort # neposielat email (-n/none). #PBS -m n # zaslanie emailu na adresu #PBS -M user@uniza.sk # prenos nastavenia prostredia na vypoctovy nod #PBS -v DISPLAY # interktivne a povoli X11 forwarding #PBS -I

3 – Spustenie interaktívnej úlohy

$ qsub interactive.pbs

4 – Spustenie programov

$ module load annovar $ annotate_variation.pl …..