Klaster HPC UVP je prístupný pre zamestnancov UNIZA. Operačný systém Linux – Centos 8.

[tds_info] Názov servera login.svarog.hpc.uniza.sk [/tds_info]

Výpočtové uzly majú 20 jadier, preto je vhodné škálovať počet požadovaných jadier pre výpočet ako násobok 20.

Pre získanie prístupu k HPC je potrebné kontaktovať technickú podporu na UNIZA.

Na lokálnom počítači musí byť inštalovaný softvér ANSYS, všetky potrebné balíky, v ktorých chceme spúšťať výpočty na HPC. Model sa vytvorí na lokálnom počítači používateľa a riešenie výpočtovej úlohy sa odošle na HPC. Návod je spracovaný pre ANSYS 2021R2 (v212).

Výpočty prostredníctvom RSM sú podporované pre tieto balíky Ansys:

• Ansys Workbench
• Ansys CFX
• Ansys Fluent
• Ansys Forte
• Ansys Icepak
• Ansys Mechanical APDL
• Ansys Polyflow
• Ansys Explicit Dynamics
• Ansys Rigid Body Dynamics

Konfigurácia prístupu na HPC

Konfigurácia prístupu na HPC prostredníctvom ssh a prenos súborov použitím scp s overovaním používateľa použitím šifrovacích kľúčov.

[tds_warning]HPC_USERNAME používateľ nahradí svojím login na HPC serveri login.svarog.hpc.uniza.sk [/tds_warning]

Príkazy v návodoch nižšie

Jeden príkaz

$ ssh-keygen -t rsa

Dva rôzne príkazy po sebe

$ ssh-keygen -t rsa $ ssh HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk pwd

Linux

1. Na lokálnom počítači musí byť inštalovaný balík openssh-client, procps, gawk, coreutils.

2. Na lokálnom počítači vygenerujeme kľúče pre pripojenie na server, pri dotaze na súbor potvrdíme predvolenú cestu a pri dotaze na heslo stlačíme Enter, použijeme príkaz:

$ ssh-keygen -t rsa

3. Vygenerovaný kľúč prenesieme na server, použijeme príkaz:

$ ssh-copy-id HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk

4. Overenie fungovania prihlásenia bez zadávania hesla použitím príkazu, ktorý vráti cestu do domovského adresára /datafs1/home/HPC_USERNAME:

$ ssh HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk pwd

Windows

1. Prihlásime sa do systému ako administrátor

2. Inštalujeme program PuTTY s prednastavenými voľbami a predvolenou cestou.

3. Vytvoríme adresár pre uloženie kľúčov.

• Stlačíme kombináciu klávesov Windows+R a spustíme príkaz cmd.
• V príkazovom riadku zadáme nasledujúci príkaz pre vytvorenie adresára. LOCAL_USER nahradíme menom používateľa, ktorý bude používať ANSYS

mkdir C:usersLOCAL_USERAppDataRoamingPuTTY

4. Vygenerujeme kľúče pre program PuTTY, spustíme generátor kľúčov – Start > PuTTY > PuTTYgen:

• Spustíme generovanie kľúča Generate.
• Upravíme položku Key comment, zadáme meno počítača.
• Uložíme privátny kľúč Save privavate key, do riadku pre meno súboru zadáme:

C:usersLOCAL_USERAppDataRoamingPuTTYid_rsa.ppk

• Uložíme verejný kľúč Save public key, do riadku pre meno súboru zadáme:

C:usersLOCAL_USERAppDataRoamingPuTTYpublic_key

• Zavrieme program pre generovanie kľúčov.

5. Nainštalujeme vygenerovaný kľúč na HPC server

• V príkazovom riadku zadáme nasledujúci príkaz pre presunutie kľúča na HPC, po vyzvaní zadáme heslo k účtu HPC_USERNAME.

pscp C:usersLOCAL_USERAppDataRoamingPuTTYpublic_key  HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk:/datafs1/home/HPC_USERNAME

• V príkazovom riadku zadáme nasledujúci príkaz pre inštaláciu kľúča na HPC, po vyzvaní zadáme heslo k účtu HPC_USERNAME.

plink HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk „ssh-keygen -i -f public_key >> .ssh/authorized_keys“

6. Vytvoríme systémovú premennú KEYPATH, zadaním príkazu:

setx KEYPATH C:usersLOCAL_USERAppDataRoamingPuTTYid_rsa.ppk -m

7. Odhlásime sa ako administrátor a prihlásime sa ako používateľ LOCAL_USER.

8. Pre overenie fungovania prihlásenie bez zadávania hesla použijeme nasledujúci príkaz. Príkaz vráti cestu do domovského adresára /datafs1/home/HPC_USERNAME

plink -i „%KEYPATH%“ HPC_USERNAME@login.svarog.hpc.uniza.sk pwd

Konfigurácia RSM na lokálnom počítači

1. Stiahneme konfiguračné súbory pre RSM – HPC.rsmcc a queues.rsmq.
2. V textovom editore (Notepad) otvoríme súbor HPC.rsmcc a nahradíme na dvoch miestach HPC_USERNAME za login používateľa na HPC.
3. Súbory presunieme do adresára:
   1. Linux: ~/.ansys/v212/RSM
   2. Windows:  %APPDATA%AnsysV212RSM

Ansys Workbench a spustenie riešenia úlohy na HPC

Mechanical

Nastavenie RSM v prostredí Mechanical

1. V menu Mechanical zvolíme File > Solve Process Settings.
2. V dialógovom okne zvolíme Add Queue.
3. Zadáme meno HPC a potvrdíme.
4. V ľavej časti myšou vyberieme HPC, v pravej časti okna v Settings zvolíme pre RSM Queue: qparallel.
5. Stlačíme Advanced …, v okne zaškrtneme voľbu Distribute Solution (if possible), voľbu Max number of utilized cores nastavíme na 20. V položke Additional Command Line Arguments vložíme -mpi openmpi

Spustenie výpočtu na HPC

1. Uloženie projektu v menu zvolíme File > Save project
2. V strome projektu zvolíme položku Solution.
3. Zmeníme voľbu z My Computer na HPC, upravíme počet jadier Cores podľa potreby.
4. Stlačíme ikonu Solve.

Monitorovanie výpočtu

1. V základnom okne Ansys Workbench v menu Jobs > Open Job Monitor
2. V hornej časti okna Job Monitor môžeme zvoliť výpočtovú úlohy a v spodnej časti sa zobrazia detaily výpočtu.

Stiahnutie výsledkov

1. V strome projektu zvolíme položku Solution.
2. Kliknutím pravým tlačidlom myši vyvoláme menu a zvolíme Get Results

Fluent, CFX, Icepak

Nastavenie použitia RSM

1. V základnom okne Ansys Workbench v projekte pre Fluent/CFX klikneme pravým tlačidlom myši na Solution v menu zvolíme Properties.
2. V okne Properties zmeníme nasledujúce voľby:
   • Update options na Submit to Remote Solver Manager
   • RMS Queue na qparallel
   • Execution Mode na Parallel
   • Number of Processes  upravíme počet jadier podľa potreby

Spustenie riešenia

1. V základnom okne Ansys Workbench v projekte pre Fluent klikneme pravým tlačidlom myši na Solution v menu zvolíme Update.

Monitorovanie výpočtu

1. V základnom okne Ansys Workbench v menu Jobs > Open Job Monitor
2. V hornej časti okna Job Monitor môžeme zvoliť výpočtovú úlohu a v spodnej časti sa zobrazia detaily výpočtu.

Stiahnutie výsledkov

1. V strome projektu zvolíme položku Solution.
2. Kliknutím pravým tlačidlom myši vyvoláme menu a zvolíme Get Results